いにしえの時代、邪悪なる竜と聖なる竜の戦いの果て、竜と竜騎士が力を合わせて平和をもたらした世界。現在は聖竜の分け御霊である火、水、雷、土、風、氷の六竜が世界の秩序を維持していた。
主人公ハルトは竜騎士学校を卒業し、真のドラグーンとしての承認を受けるため、イーリスの首都グラナティスを訪れる。そこでは世界の六竜が来臨し、竜騎士の承認をする「聖六竜祭」と呼ばれる祭りが催されていた。

式典が始まろうとする最中、不意に暗雲が空を覆い、現れた黒炎を吐く漆黒の竜がグラナティスの宮殿を破壊。追って現れた青い竜・ウォータードラゴンもあっけなく敗北を喫し、邪竜は首都を去っていくのだった。

破壊された宮殿に足を運んだハルトは、瓦礫の中で倒れている少女・ユーフェを見つける。襲ってくるモンスターを一掃して、ユーフェを介抱するハルト。目覚めた彼女は、優しいハルトに一目惚れをする。

突如現れた邪竜。この危機に姿を見せなかった他の五竜について、竜騎士長から調査を命じられるハルトたち竜騎士。
ファイアドラゴンとの謁見を任され、ドラゴンオーブ（宝珠）を手に入れたハルトは先ほどの戦いで、ウォータードラゴンから宝珠を託されたという少女・ユーフェと再会する。こうして成り行きによって協力関係になった二人は竜を訪ねる旅に出るのだった。

彼はまだ真実を知らない・・・・・・竜の血が奏でる悲しき運命――