ストーリーモードは、短編のミニシナリオが11話+αで構成されています。
主役はクルル。各話では、お話の途中に「マールじゃん!!」で対決することになります。
ストーリーモードの一部をご紹介します。

エリンギャー編ストーリー『すべてのはじまり』

これは、クルルと大親友のクレアが、エリンギャー谷のキノコ祭りに招待されたときのお話です。
歌や踊りのもてなしを受けたクルルたちに、エリンギャーがエリンギャー谷に伝わる伝説の遊具『マールじゃん』を手渡します。
クルルはこの『マールじゃん』でエリンギャーたちと交流試合をすることになりました。
勝てば「マールじゃん100セット無料提供」負ければ「クルルがエリンギャーになる！」
果たして、クルルの運命やいかに!?

クレア編ストーリー『コンテストの裏側』

マール王国で年に1回開催される「ミス・マール王国コンテスト」もいよいよ決勝戦。
ここまで勝ち進んだのは、昨年の覇者「クルル」と例年、優勝を勝ち取っているローゼンクイーン家の一人娘「クレア」でした。
二人はお互い、手加減する気も負ける気はありません。
勝負の方法は……例年と異なり、「マールじゃん」。
戦いの火蓋が切って落とされるのでした。