ストーリーモードは、短編のミニシナリオが11話+αで構成されています。 主役はクルル。各話では、お話の途中に「マールじゃん!!」で対決することになります。 ストーリーモードの一部をご紹介します。
エリンギャー編ストーリー『すべてのはじまり』 これは、クルルと大親友のクレアが、エリンギャー谷のキノコ祭りに招待されたときのお話です。 歌や踊りのもてなしを受けたクルルたちに、エリンギャーがエリンギャー谷に伝わる伝説の遊具『マールじゃん』を手渡します。 クルルはこの『マールじゃん』でエリンギャーたちと交流試合をすることになりました。 勝てば「マールじゃん100セット無料提供」負ければ「クルルがエリンギャーになる!」 果たして、クルルの運命やいかに!?
クレア編ストーリー『コンテストの裏側』 マール王国で年に1回開催される「ミス・マール王国コンテスト」もいよいよ決勝戦。 ここまで勝ち進んだのは、昨年の覇者「クルル」と例年、優勝を勝ち取っているローゼンクイーン家の一人娘「クレア」でした。 二人はお互い、手加減する気も負ける気はありません。 勝負の方法は……例年と異なり、「マールじゃん」。 戦いの火蓋が切って落とされるのでした。