人類が汚染菌類によって滅びてから数百年後の世界。

とある廃墟でロボットは一人の少女・トリコと
出会う。
ロボットは後に出会ったファクトリーAIと協力し、
生存環境「テラリウム」を作りあげトリコを
お世話していく。

トリコのお世話は容易ではなく、様々な困難が
ロボット達に降りかかる。
汚染菌類がトリコにもたらす奇妙な病気
トリコを利用して人類復興を計画する存在の出現
破壊されるファクトリーAI……

それらをすべて乗り越えたロボット達は
再びトリコをお世話する日々に戻ろうとしていた。

そんな矢先、トリコの身体が少しづつ朽ちていく症状が現れる。
これまでの病気とは違い、
はっきりとした原因がわからない。
なぜ、トリコの身体が朽ちていくのか。
その謎の答えを求めて、ロボット達はトリコや
人類の過去を調査し始める。

すべてはトリコを生き延びさせるために――