ストーリーモードは、基本的に「アドベンチャーパート」「チュートリアルパート」「パズルパート」の繰り返しで進行します。

・アドベンチャーパート

デモ中に表示されているボタンを押すことで、「オート」「早送り」「スキップ」の機能を使うことができます。

・チュートリアルパート

ストーリーを楽しみながら段階的にチュートリアルを受けてルールを学べます。
「EASY」を一度クリアした後はチュートリアルの表示のON/OFFを選ぶことも可能です。
また、チュートリアルは「あそびかた」の「ノエラとお勉強」から同じ内容を見返す事ができます。

・パズルパート

難易度に応じたCPUとバトルします。
「EASY」「NORMAL」では何回でも、「HARD」では3回までコンティニューできます。
「NIGHTMARE」ではコンティニューできません。
コンティニューを選ぶとCPUの体力はそのままで自分の体力が回復します。